Инфраструктура научно-исследовательской деятельности (Научно-исследовательская база) университета представлена сложившимися научными коллективами, такими, как научные школы, научно-исследовательские и научно-методические лаборатории, музеи, инновационные площадки на базе образовательных организаций. Пермский государственный гуманитарно-педагогический университет - старейшее учреждение высшего педагогического образования на Урале, обладающее рядом признанных в России и за её рубежами научных школ и направлений. Лаборатории имеют достаточное оснащение приборной базой. В университете действует Совет молодых ученых. В университете единственный в России НИИ языка, истории и традиционной культуры коми-пермяцкого народа.
Библиотека Пермского государственного гуманитарно-педагогического университета – одна из крупнейших библиотек Урала. Фонд библиотеки составляет 860 тыс. печатных единиц. Формирование библиотечного фонда осуществляется путем приобретения документов в соответствии с образовательными программами, учебными планами, программами курсов и тематикой научных исследований. Видовой и жанровый состав фонда разнообразен: в его состав входит основной книжный фонд на русском и иностранном языках (учебная, учебно-методическая, научная и художественная литература), периодические издания на русском и иностранных языках, электронные издания, фонд редких изданий.
В рамках университета существует девять научных школ, ведущих передовые исследования в различных областях современной науки.
В университете существует малое инновационное предприятие «Вибрационных технологии»
В университете издается 11 научных журналов и периодических научных изданий. Большинство из них представлены в РИНЦ.